Πρόκειται για ένα από τα μεγαλύτερα σπήλαια της Ελλάδος με επιφάνεια 3400μ. και μήκος 145 μ. Η απαράμιλλη και σπάνια φυσική ομορφιά του, καθηλώνει τον επισκέπτη και το καθιστά ως ένα από τα ωραιότερα της Κρήτης. Βρίσκεται στην θέση Σκαφίδια των Ζωνιανών που η απόσταση τους από το Ρέθυμνο είναι 45 χλμ. Ο περιηγητής μπορεί εύκολα να οδηγηθεί σε αυτό ακολουθώντας τον δρόμο αριστερά, μετά το χωριό που οδηγεί στην Αξό.
Το 1956 ξεκίνησε η πρώτη συστηματική σπηλαιολογική εξερεύνησή του, από τους Σπηλαιολόγους Ιωάννη και Άννα Πετρόχειλου. Σύμφωνα με ανασκαφική έρευνα από το Υπουργείο Πολιτισμού, το 1987, το σπήλαιο των Ζωνιανών Ρεθύμνου χρησιμοποιήθηκε συστηματικά ως εποχική κατοικία κατα την Πρωτομινωική εποχή, ενώ καθώς φαίνεται η χρήση του, τυχαία τώρα, συνεχίστηκε και τη Ρωμαϊκή.
Αργότερα, σε περίοδο επαναστάσεων το πρώτο τμήμα του σπηλαίου χρησιμοποιήθηκε και ως καταφύγιο για χαΐνηδες, που σημαίνει επαναστάτες στην Κρητική διάλεκτο. Το άλλο του όνομα, «Η τρύπα του Σφεντόνη» μάλλον συνδέεται με τον Σφακιανό χαΐνη Σφεντόνη, ο οποίος σύμφωνα με την παράδοση είχε βρει καταφύγιο στο σπήλαιο. Οι αφηγήσεις των ντόπιων λένε πως μια μέρα που εκείνος έψηνε κρέας ένας νεαρός, τον πλησίασε και του ζήτησε να φάει. Εκείνος τότε θύμωσε ή φοβήθηκε μήπως τον προδώσει και τον κλώτσησε τόσο δυνατά με το στιβάνι του που τον σκότωσε.
Μέσα στο σπήλαιο των Ζωνιανών επικρατεί απόλυτη, κατανυκτική ηρεμία η οποία διακόπτεται μόνο από τον ήχο των σταγόνων του νερού οι οποίες με την πτώση τους, σμιλεύουν στην πάροδο του χρόνου, εντυπωσιακούς σταλαγμίτες, σταλακτίτες, κολόνες και τοίχους. Το σκοτεινό περιβάλλον δεν μπορεί να καλύψει την μοναδική ιδιαιτερότητα αυτού του σπηλαίου, την σπάνια έγχρωμη λιθωματική διακόσμησή του.
Η είσοδος στο σπήλαιο, κάποια χρονική στιγμή, διευρύνθηκε και τώρα είναι μεγαλύτερη από ότι παλαιότερα. Το μήκος του μονοπατιού περιήγησης των επισκεπτών είναι περίπου 270 μέτρα. Το κρητικό σπήλαιο είναι προσβάσιμο κατά τα 2/3 του, με ευκολότερη την πρόσβαση στα πρώτα τμήματά του. Μάλιστα η μειωμένη επισκεψιμότητα των άλλων θαλάμων, συνέβαλλε στο να διατηρηθεί ανέπαφος ο φυσικός εσωτερικός του διάκοσμος.
Στις διάφορες αίθουσές του έχουν δοθεί αντιπροσωπευτικά ονόματα, τα οποία έχουν ως εξής με σειρά επισκεψιμότητας: η «Πρώτη αίθουσα» (με μήκος 23, πλάτος 9 και ύψος 4 μέτρα), το «Άδυτο της Νεραΐδας» (ένας τυφλός και στενός θάλαμος μήκους 17 μέτρων), ο «Προθάλαμος των Αρμονιών» (με μήκος 18, πλάτος 12 και ύψος 3,5 μέτρα στο τέλος του οποίου υπάρχουν τεράστιες κολόνες) ,ο «Θάλαμος των Αρμονιών», το μεγαλοπρεπές «Ανάκτορο» (όπου οι κρύσταλλοι του ανθρακικού ασβεστίου λαμπυρίζουν εντυπωσιακά από την αντανάκλαση του φωτός , το «Παρεκκλήσι», ο «Παρθενώνας» (με διαστάσεις 30χ30 μέτρα και κατάμεστος από σταλαγμίτες και αλλεπάλληλες σειρές από κολόνες ύψους μέχρι 6 μέτρων) , το «Πανόραμα», τα «Απολιθωμένα Κύματα» και στο τέλος βόρεια του σπηλαίου ο «Θάλαμος του Χαμένου Παιδιού».
Σε αυτό τον τελευταίο θάλαμο βρέθηκε πριν λίγες δεκαετίες ο σκελετός του παιδιού που χάθηκε, καλυμμένος με σταλαγμιτικό υλικό. Στο «Άδυτο της Νεραΐδας» λέει ο θρύλος πως κρύβεται εδώ και πολλά χρόνια η "πληγωμένη" νεραΐδα για να ξεφύγει από τον βοσκό που την ερωτεύτηκε.
Η σπηλαιολογική έρευνα έδειξε επίσης ότι μέσα στο σπήλαιο κατοικούν και τρία είδη νυχτερίδας της οικογένειας των ρινολοφοειδών (τα οποία χαρακτηρίζει η ιδιόρρυθμη μύτη τους) καθώς και ασπόνδυλα σπηλαιόβια ζώα. Μόνο ένας ειδικός μπορεί να εντοπίσει αυτά τα ιδιαίτερα ζώα που είναι μικροσκοπικά λεπτά, άχρωμα και τυφλά. Έχουν εξαιρετικά ευαίσθητα αισθητήρια, για να αντιλαμβάνονται το περιβάλλον τους και αντέχουν σε μεγάλες περιόδους ασιτίας. Τα πιο σημαντικά από αυτά είναι τα ισόποδα, τα διπλόποδα, τα δίπλουρα και τα σαλιγκάρια.
Ώρες λειτουργίας:Από Νοέμβριο έως Μάρτιο 10:00 έως 15:00 τις ημέρες Σάββατο και Κυριακή η κατόπιν συνεννοήσεως στα τηλέφωνα: 28340 61734, 28340 61869 (μόνο Σάββατο και Κυριακή), 28340 61209 (Εργάσιμες μέρες και ώρες)και 6972093982.
Τους υπόλοιπους μήνες 9:00 έως 18:00 καθημερινά.