Από τα πρώτα έργα των τούρκων στα Χανιά Κρήτης μετά την επικράτηση τους το 1645, ήταν η μετατροπή των εκκλησιών σε τζαμιά. Ο ναός του Αγίου Νικολάου αναφορικά, μετατράπηκε σε στρατώνα όπου έμενε το Τάγμα των Γενιτσάρων.
Μέρη του ναού χρησιμοποιούταν για τις καθημερινές προσευχές των Τούρκων στρατιωτών και ονομάστηκε «Χιουγκάρ Τζαμισί» δηλαδή (το τζαμί του Ηγεμόνα). Εδώ φυλασσόταν και το ξίφος του τούρκου Δερβίση, που ήταν ο πρώτος που μπήκε μέσα στην πόλη και θεωρούνταν ιερό και θαυματουργό.
Ο μιναρές ξεχωρίζει από τους υπόλοιπους που υπάρχουν στην πόλη των Χανίων γιατί είχε δύο εξώστες (σεριφιέδες). Τα μορφολογικά στοιχεία του συγκεκριμένου μιναρέ, που πρόσφατα αναστηλώθηκε ακολουθούν τη βενετσιάνικη παράδοση.