Από το 2001 λειτουργεί η Αρχαιολογική Συλλογή Νεάπολης (Νεάπολη Λασιθίου) με εκθέματα που προέρχονται από πολλές διαφορετικές τοποθεσίες του νομού και αφορούν την περίοδο από τα προϊστορικά χρόνια έως τον 4ο αιώνα μ.Χ.. Ενδιαφέρον παρουσιάζει το γεγονός ότι ένα σημαντικό μέρος της συλλογής είχε συγκεντρωθεί από τις ιταλικές δυνάμεις κατοχής το 1942 και παρέμεινε στην Κρήτη χάρη στις προσπάθειες του τότε επιμελητή αρχαιοτήτων Εμμανουήλ Μαυροειδή.